Die Fischteiche wurden in der Zeit des Abtes Arnu (1718 – 1766) angelegt. Die Zisterziensermönche bauten die Fischzucht auf, die bis heute Bestand hat. Die Mühle stammt aus dem Jahr 1598 als das Kloster ein lutherisches Jungfrauenstift war.

Als Ernst Graf zu Münster 1814 seine Planungen für den englischen Landschaftsgarten begann, konnte er auf die Anlagen der Zisterzienser zurückgreifen und sie zu einer Wasserlandschaft ausbauen. Viele Wege und Brücken durchzogen dieses Gebiet und mit einem größeren Boot konnte die kleine Insel erreicht und die Gartenlandschaft vom Teich her besichtigt werden.

Der heutige Mariensee hatte zu Münsters Zeit nur die halbe Größe und wurde von seinem Sohn, dem Fürst Georg zu Münster in der 2. Hälfte des 19. Jahrhunderts im Rahmen des Eisenbahnbaus zu seiner heutigen Ausdehnung ausgebaut.

Seit 1955 gehörten die Teiche zu der staatlichen Domäne Derneburg und dienten ebenfalls der Fischzucht. Im Jahr 2007 kaufte die Paul-Feindt-Stiftung die Fischteiche einschließlich der Wassermühle, um das wertvolle Biotop zu schützen und zu erhalten.